Peptider

Peptider är polymerer (kedjor) av 50 eller färre aminosyror som sitter ihop via peptidbindningar. Skillnaden mellan en peptid och ett protein är deras storlek, där proteiner är byggda av mer än 50 aminosyror. Peptider kan ha många olika funktioner, som exempelvis signalering inuti och mellan celler och organ.

Hur peptider skapas

Peptider bildas oftast via den så kallade proteinsyntesen, där aminosyror kopplas till varandra på ett organiserat sätt via så kallade peptidbindningar. Peptider kan även skapas när man klyver proteiner (proteiner innehåller 51 eller flera aminosyror i en kedja) i cellen, eller framställas på syntetisk väg på labb.

Peptiders struktur

En tripeptid består av tre aminosyrarester. R är sidokedjan från den första aminosyran. R' respektive R'' är för den andra och tredje aminosyran.

En tripeptid består av tre aminosyrarester. R är sidokedjan från den första aminosyran. R' respektive R'' är för den andra och tredje aminosyran.

Ovan ser du en så kallad tripeptid (tri = 3). Peptidbindningen (-C(=O)NH-) uppkommer genom en reaktion mellan karboxyldelen i en aminosyra, och aminodelen i en annan. Efter att aminosyrorna har skapat en peptid kallas de före detta aminosyrorna för aminosyrarester. I en peptid så kallas den aminosyrarest som har en aminogrupp som inte sitter fast vid någonting för N-terminal. Den aminosyrarest med en karboxylgrupp som inte sitter fast i någonting kallas för C-terminal. Det finns bara en N-terminal, och en C-terminal per peptidkedja.

Olika typer av peptider

Peptider får lite olika namn beroende på hur långa de är:

  • Dipeptid: 2 aminosyrarester
  • Tripeptid: 3 aminosyrarester
  • Tetrapeptid: 4 aminosyrarester
  • Pentapeptid: 5 aminosyrarester

Det finns även lite mer översiktliga begrepp för peptider:

  • Oligopeptid: 2 till 20 aminosyrarester
  • Polypeptid: Ospecificerad längd (även längre än 50 aminosyrarester).

Namngivning av peptider

Ordningen som aminosyraresterna sitter kopplade i spelar stor roll för de egenskaper som peptiden har. Man börjar räkna ifrån N-terminal när man namnger en peptid med en ordformel. Om vi har en tripeptid (tri = 3) där valin (val, V) sitter först och är N-terminal, Glycin (gly, G) sitter i mitten, och lysin (lys, K) sitter sist och är C-terminal så namnges peptiden såhär med trebokstavskoder:

Val - Gly - Lys

Alternativt såhär med enbokstavskoder:

VGK

Alla trebokstavskoder och enbokstavskoder

Klicka här för att visa alla aminosyror och deras bokstavskoder

Övningsuppgifter

Övningsuppgift 1Svar a)Svar b)
Säg att vi har följande peptid:

Lys - Val - Gly - Val

a) Vilken typ av peptid är detta baserat på längden av kedjan?

b) Vilken aminosyrarest är C-terminal respektive N-terminal i denna peptid?

Eftersom peptiden är fyra aminosyrarester lång är det en tetrapeptid.

Man kan också klassa den som en oligopeptid då den innehåller mellan 2-20 aminosyrarester.

N-terminal är alltid längst till vänster i en peptidkedja. Lys (lysin) är alltså N-terminal.

På samma sätt är C-terminal alltid längst till höger i en peptidkedja. Val (valin) är C-terminal.

Övningsuppgift 2Svar a)Svar b)
Vi har följande peptid:

Arginin - Prolin - Lysin - Asparaginsyra - Histidin

Beskriv denna peptid med:

a) Trebokstavskoder

b) Enbokstavskoder

Använd tabellen tidigare i artikeln (kommer fram genom att klicka på den).

Vi letar i tabellen vi har tidigare i artikeln, och finner att det blir på följande vis:

Arginin - Prolin - Lysin - Asparaginsyra - Histidin

Arg - Pro - Lys - Asp - His

 Även här kollar vi på tabellen, och kommer fram till:

Arginin - Prolin - Lysin - Asparaginsyra - Histidin

RPKDH

Övningsuppgift 3 (medlemsuppgift)
Här finns en uppgift om att identifiera och namnge peptider som visas för dig med ett studentkonto eller skolkonto.
Övningsuppgift 2 (medlemsuppgift)
Här finns en uppgift om hur man ritar upp peptider som visas för dig med ett studentkonto eller skolkonto.

Artikeln skriven av Matias Ekstrand. Lämna feedback / ställ en fråga.
Publicerad 11 juni 2016. Senast uppdaterad 4 december 2016.

Comments are closed